Okulumuz 1977-78 öğretim yılında Taşköprü Lisesinin ortaokul binasının bir bölümünde eğitim ve öğretime başlamıştır.7 yıl Taşköprü Lisesine ait binanın değişik bölümlerinde eğitim ve öğretime devam etmek zorunda

Taşköprü İmam Hatip Lisesi Yaptırma ve Yaşatma Derneği tarafından satın alınan arsa üzerine 1983 yılında eğitim binasının temeli atılmış, 1984-85 öğretim yılından itibaren kendi binasında eğitime başlamıştır. Binanın 3.katı da 1986 yılında tamamlanmış, 1987-88 öğretim yılından itibaren 3.katında 69 öğrenci ile dernek yatılısı faaliyete başlamıştır.

1987 yılında okul binasının bitişiğinde yapılan yemekhane ve mutfak bölümü de okul bünyesindeki yurtla birlikte faaliyete geçmiştir. Öğrenci sayısının hızla artması sebebiyle öğretim binası yetersiz duruma gelmiştir. Bu nedenle aynı dernek tarafından ilçemiz Tekke Mahallesi Çay sokağında bulunan 179 ada ve 7-8-9 parsel numaralı 400 m2 lik üç ahşap ev satın alınarak ek öğretim binası yapma faaliyetine başlamıştır.

1990-91 öğretim yılında ilk olarak kız öğrenci kaydedilmiş, bu öğretim yılından itibaren ilçemiz Tekke Mahallesinde geçici bir binada ek öğretim binası olarak eğitim ve öğretime başlanmıştır.   Zorunlu eğitimi 8 yıla çıkaran kanun ile 1997-1998´den bu yana kapalı olan imam hatip okullarının ortaokul bölümleri kapatılmış. 2012-2013 eğitim yılında tekrar 42 öğrenciyle eğitim ve öğretime başlanmıştır. 

2015-2016 Eğitim Öğretim yılında yeni binasına taşınan okulumuz, 2024-2025 Eğitim - Öğretim yılında 12 şube ve 325 Öğrenci ile eğitim-öğretime devam etmektedir.